外科は虫垂炎、胆石症、肛門疾患（痔疾、脱肛など）、ヘルニアなど、消化器疾患の一部、表在の外傷、良性の腫瘤など一般外科疾患の診断治療を担当しています。
そのほか、貧血・腹痛・下血など、外科的疾患が疑われる症状の精査なども専門各科と連携をとりながら系統的に行います。
三井記念病院の外科は、悪性疾患や慢性疾患、特殊疾患を扱う消化器外科、心臓血管外科、呼吸器外科、乳腺内分泌外科などの専門診療科をまとめる大きな医局です。大きなまとまりである外科という医局に属しているおかげで、各専門診療科は緊密に連携をとりながら患者さんの治療に当たることができます。
外科にはもう一つ重要な役割があります。それは若手の医師を育て、一人でも多くの良い外科医を送りだすことです。新人たちは早い時期から先輩医師のきびしい監督のもとに指導を受け、自らの責任をもって正しく迅速に判断し、対応する実力を備えるよう求められます。4年間の研修教育を終え、日本全国で外科の最前線に立って活躍する卒業生たちは100人に及びます。